29 Mart 2024 | Son günlerde Arkansas Tıp Bilimleri Üniversitesi (UAMS), 18-20 Mart tarihleri arasında genom sıralaması üzerine kapsamlı bir workshop düzenledi. Workshop, eyalet genelindeki çeşitli üniversitelerden lisans öğrencileri, yüksek lisans öğrencileri ve akademisyenlerden oluşan çeşitli katılımcıları çekerek yüz yüze 30’dan fazla katılımcıyı ve ek olarak online olarak 30 kişiyi bir araya getirdi. Bu etkinlik, bu alandaki en son gelişmeleri öğrenmek için kıymetli bir platform sunma konusunda başarılı oldu.
Tıp Fakültesi Biyomedikal Bilgi Bilimleri Bölümü’nde önemli bir profesör olan Dr. David Ussery, katılımcılara genom sıralaması yoluyla oluşturulan veri miktarı hakkında bir konferans verdi. Dr. Ussery, bu bilgi patlamasını etkili bir şekilde yönetmek ve analiz etmek için yenilikçi araçlar ve tekniklerin gerekliliğini açıkladı. Yapay Zeka (AI) gibi bir araç, araştırmacılara bu büyük veri kümelerini işleme konusunda temel bir katkı sağlamıştır. AI, araştırmacılara mevcut araştırmaları üzerine inşa etmelerine olanak tanıyan konsolide bir bilgi platformu sunar ve önemli ölçüde zaman harcamadan ön çalışmalara yatırım yapmadan araştırmalarına devam etmelerini sağlar.
Genomik veri miktarı arttıkça, bu veriyi depolamak, erişmek ve genişletmek için daha büyük ve güçlü süper bilgisayarlara ihtiyaç duyulur. Dr. Ussery, Danimarka ile AI hesaplama lideri Nvidia arasındaki yakın işbirliğini vurguladı ve AI inovasyonu için ulusal bir merkezin kurulması üzerine anlaşmaya vardılar. Bu merkez, dünyanın en güçlü AI süper bilgisayarlarından birine ev sahipliği yapacak ve sağlık, biyoloji bilimleri ve yeşil geçiş gibi çeşitli alanlarda araştırma ve inovasyonu hızlandırmayı amaçlıyor.
AI hesaplama gücünün entegrasyonu, ilaç keşfi, hastalık tanısı ve tedavisi gibi alanlarda araştırma ve geliştirmeyi devrim niteliğinde değiştirebilir. Büyük veri kümelerinin verimli işlenmesi sayesinde, AI, toplumun en büyük zorluklarının olumlu şekilde dönüştürülmesine yardımcı olabilir. Bu çığır açıcı yaklaşım, özellikle hayat bilimleri alanında araştırmacılara hastalık salgınlarını anlamalarına ve sağlıkta ilerlemeler kaydetmelerine olanak tanır.
Asıl amacının dünyanın en büyük bilgisayarını kurma sebebi fizik, astronomi ya da genel AI uygulamalarına yardımcı olmak değil, aksine biyolojik sıra bilgileri miktarının üstesinden gelmek olduğunu vurgulayan Dr. Ussery, bu verinin özellikle yaşam bilimleri alanında önemli olduğunu ve araştırmacılara hastalık salgınlarını anlamaları ve sağlık alanında ilerlemeler kaydetmeleri için gereklilik arz ettiğini belirtti.
AI’nın yaygın kullanımıyla ilgili endişelere rağmen, Dr. Ussery, AI’nın olumlu etkisini tasdikledi. AI’ı araştırma makalelerini konsolide etmek, zaman kazanmak ve araştırması için yeteneklerini artırmak amacıyla nasıl kullandığını paylaştı. Ayrıca, yüksek-performans bilgisayarlar tarafından sağlanan bilimsel hesaplama yeteneklerinin, yüksek-çıktılı karşılaştırmalı genomikler alanındaki araştırmacılara sunduğu önemi vurguladı.
Workshop sırasında katılımcılar kendi bakteriyel genomlarını karşılaştırarak araştırmalarını sunma fırsatı buldular. Özellikle birkaç öğrenci, sorunları gidermek ve R-BioTools yazılımını kullanımlarını kolaylaştırmak için Chat-GPT gibi bir AI tabanlı platformu kullandılar. Bu, araştırmacıların karşılaştığı zorluklara değerli bir şekilde cevap vererek AI’nın değerini vurguluyor.
Genom sıralaması, bir organizmanın genetik bilgilerinin tamamını belirleme sürecidir ve çeşitli hastalıkların çalışılmasına ve tanı ve tedavide ilerlemelere katkıda bulunur. Dr. Ussery’nin araştırma ekibi, hastalık salgınlarını belirlemek için bakteriyel genomları karşılaştırmaya odaklanmıştır.
UAMS tarafından ilkbahar tatili sırasında düzenlenen yıllık genomik workshoplar, şimdi yedinci yılında, bu alandaki kritik bir etkinlik haline gelmiştir. Bu workshoplar, Ulusal Sağlık Enstitüleri tarafından finanse edilen ve UAMS merkezli olan Biyomedikal Araştırma Mükemmellik Ağı (INBRE) tarafından desteklenmektedir. Bu sponsorluk, biyomedikal araştırma konusundaki bilgiyi genişletmeyi ve güçlendirmeyi amaçlar. Arkansas Little Rock Üniversitesi Bilgi Bilimleri Bölümü Başkanı Dr. Elizabeth Pierce, bu yılın workshop’unu koordine etti ve genom sıralamasının insan sağlığından öteye nasıl geniş uygulamalara sahip olduğunu vurgulayarak, ilaç tasarımı, kişiselleştirilmiş tıp, kanser hücresi analizi, çevre bilimi, hayvan bilimi, tarım ve atık yönetimi gibi alanlardaki potansiyelini ön plana çıkardı.
Workshop’a katılan çeşitli katılımcılar, genomin çeşitli yönlerinin katkıda bulunduğu geniş kapsamlı uzmanlık ve bilgiyle, veri analizi, genomikler, moleküler gen fonksiyonları, mikrobiyom araştırmaları, nörolojik hastalıklar, genetik, gen mühendisliği, biyoinformatik, kalıtımsal hastalıklar, kuraklık toleransı, yeme bozuklukları ve kanser araştırmaları dahil olmak üzere çeşitli alanlardaki bilgi ve uzmanlıklarını paylaştılar.
Workshop, katılımcılara genom sıralamasındaki dikkate değer ilerlemeleri ve bu ilerlemelerin çeşitli bilimsel disiplinler üzerindeki etkisini keşfetme fırsatı sunan bilgilendirici ve işbirlikçi bir platform olarak hizmet verdi. AI hesaplama gücünün entegrasyonu ve Chat-GPT gibi yenilikçi araçların kullanımı, biyomedikal araştırmalardaki teknolojinin kritik rolünü pekiştirir ve gelecekte önemli keşifler ve ilerlemelere yol açar.
—
